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Le territoire actuel de la Réserve était autrefois constitué principalement de terrains agricoles. C’est durant la seconde moitié du XIXème siècle que les premiers coups de pioche ont commencé à modifier le paysage du secteur afin de fournir le ballast de la voie ferrée Castelnaudary – Rodez. Celle-ci permettait l’acheminement du charbon des mines de Carmaux. À partir des années 1960, l’activité d’extraction de granulats s’est développée créant progressivement un réseau de bassins de plus en plus conséquent. Certains seront remblayés par la suite, d’autres, laissés en l’état, verront peu à peu la nature reprendre ses droits et la végétation coloniser les berges. Dans les années 1970, une petite colonie de nidification abritant 3 espèces de hérons au statut fragile en Europe (Bihoreau gris, Héron pourpré et Blongios nain) est ainsi découverte. Afin de préserver ce patrimoine naturel remarquable, menacé par des projets de réaménagement, quelques ornithologues (U. Heseler, J.M. Cugnasse) puis le Groupe Ornithologique du Tarn (créé en 1982) alertent les élus locaux au cours des années 1970 et 1980. Cette démarche de sensibilisation aboutira à la création par arrêté préfectoral d’une Réserve naturelle volontaire le 19 septembre 1990, à l’initiative de la commune de Cambounet-sur-le-Sor (propriétaire des parcelles) et du GOT (devenu LPO Tarn en 1998). Ce dernier en est alors désigné gestionnaire. Cette RNV, la première de Midi-Pyrénées à l’époque, couvrait la pointe sud de l’actuelle RNR, sur une superficie de 8 hectares. Un an plus tard (30 août 1991), à l’initiative de la Fédération départementale des chasseurs du Tarn (FDCT), une Réserve de chasse approuvée ainsi qu’une Réserve fédérale de chasse étaient créées sur les parcelles limitrophes (partie nord de l’actuelle RNR), en vue d’étendre la surface protégée à une trentaine d’hectares. Entre 1990 et 1997, trois tranches de travaux ont permis de réaliser des aménagements et des équipements sur la RNV en faveur de la conservation du patrimoine naturel et de l’accueil du public. La FDCT faisait également aménager deux observatoires supplémentaires, ainsi que des plantations de haies complémentaires de celles de la RNV.
En 1993, les premières animations et visites guidées étaient proposées au public et notamment aux scolaires. Elles n’ont jamais cessé depuis. C’est aussi à cette date que la LPO Tarn, en tant que gestionnaire, adhérait à Réserves Naturelles de France (RNF), le réseau des gestionnaires de réserves naturelles. En 1997, avec l’accord de la FDCT, la LPO Tarn produisait le premier plan de gestion commun aux deux espaces car les mesures de conservation mises en place avaient produit les effets escomptés. En effet, de nouvelles espèces nicheuses s’étaient installées (Héron cendré et garde-bœufs) et les effectifs de la colonie de hérons avaient considérablement augmenté. Suite à l’évolution du statut des Réserves naturelles volontaires (RNV) en Réserves naturelles régionales (RNR) au niveau national (loi dite de « Démocratie de proximité » de 2002), diverses procédures ont été engagées à partir de 2006 par la commune, la Communauté de communes Sor et Agout (CCSA) et la LPO Tarn en vue du classement du site en RNR. Le 18 novembre 2013, l’Assemblée régionale délibère en faveur de la création de la RNR de Cambounet-sur-le-Sor, suite à l’avis favorable du Conseil scientifique régional du patrimoine naturel (CSRPN) du 8 février 2013. La CCSA se voit confier la gestion de cette RNR par la Région (convention du 13 novembre 2014) et la LPO Tarn est désignée comme partenaire technique de la CCSA, par convention entre les deux entités signée le 5 août 2013.
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